DNA Fingerprinting in Plants: Principles, Methods, and Applications
Buku ini diterbitkan Tahun 2005 oleh Taylor & Francis Group CRC Press is an imprint of Taylor & Francis Group, merupakan buku edisi 2.
Judul: DNA Fingerprinting in Plants: Principles, Methods, and Applications
Oleh: Kurt Weising, et al
Penerbit: Taylor & Francis Group
CRC Press is an imprint of Taylor & Francis Group
Tahun: 2005
Jumlah Halaman: 470 hal.
Penulis:
Kurt Weising, Ph.D. Seorang profesor di Department of Sciences di Universitas dari Kassel, Jerman, di mana ia telah memimpin Plant Molecular Systematics Group sejak 2000. Dia menerima gelar Ph.D. pada tahun 1987 dari Institut Biologi di Universitas Frankfurt, Jerman. Dia telah melakukan penelitian postdoctoral dengan Profesor Richard Gardner di School of Biological Sciences, University of Auckland,
Selandia Baru, dan dengan Profesor Günter Kahl di Departemen Botani, University of Frankfurt. Dia juga bertugas di misi ahli untuk International Atomic Energy Agency (IAEA) di Kosta Rika.
Dr Weising adalah anggota dari International Association for Plant Taxonomy (IAPT), International Society for Plant Molecular Biology (ISPMB), Gesellschaft für Biologische Systematik (GfBS), Deutsche Gesellschaft Botanische, Gesellschaft für Züchtungsforschung, dan Senckenberg Research Institute. Penelitiannya didanai oleh Fritz Thyssen Stiftung (Cologne), Komisi Eropa (Brussels), dan Jerman Research Council (DFG, Bonn). Dr Weising telah menerbitkan sekitar 70 artikel, dengan topik yang mencakup luas berkisar dari struktur kromatin tanaman dan transformasi tanaman melalui genom tanaman analisis dan metodologi profiling DNA untuk menanam sistematika molekuler dan filogeografi.
Dia memberikan kontribusi sejumlah studi perintis pada tahap awal pabrik Fingerprinting DNA. Minat penelitiannya saat ini berfokus pada filogeni, sistematika, dan evolusi Bromeliaceae, Chenopodiaceae, dan genus semut-tanaman Macaranga (Euphorbiaceae), dengan penekanan khusus pada evolusi karakter dan proses spesiasi dalam sistem mutualistik.
Hilde Nybom, Ph.D., seorang profesor di Departemen Ilmu Tanaman-Balsgård, di Universitas Swedia untuk Ilmu Pertanian. Dr Nybom memperoleh pelatihan nya di Universitas Lund, Swedia, menerima
sebuah Gelar M.Sc. pada tahun 1977 dan Gelar Ph.D. pada tahun 1987 di Departemen Botany sistematis. Dia menghabiskan postdoctoralnya di Departemen Biologi di Washington University, St Louis, MO. Dia anggota dari International Society for Horticultural Science (ISHS), dan menjadi editor dan / atau terakhir banyak naskah untuk seri ISHS Acta Horticulturae. Dia juga anggota dari dewan redaksi untuk teori dan Genetika Terapan , Dan anggota dari dewan review untuk Ekologi Molekuler.
Penelitiannya didanai terutama oleh Dewan Riset Swedia untuk Lingkungan, Ilmu Pertanian dan Tata Ruang, tetapi beberapa hibah juga telah diterima, misalnya, dari The Swedish Ilmu Pengetahuan Alam Research Council dan Komisi Eropa. Dia telah menulis sekitar 90 artikel, terutama di bidang yang terkait dengan pemuliaan tanaman tetapi juga bercabang menjadi genetika ekologi, sistematika, dan populasi.
Dia telah mengawasi 6 siswa Ph.D. untuk memperoleh Ph.D. gelar mereka. Penelitian saat ini terkait dengan penerapan berbagai jenis penanda DNA dalam genetika populasi, dan genetika spesies tanaman dengan menurunnya tingkat rekombinasi genetik, seperti blackberry (Rubus subgenus Rubus ) Dan dogroses (Rosa bagian Caninae ). Selain itu, ia juga terlibat dalam pemuliaan tanaman terapan, menuju program untuk pembibitan berkualitas tinggi, tahan penyakit kultivar apel, yang baru-baru ini mengakibatkan pelepasan "Frida" dan "Fredrik."
Kirsten Wolff, Ph.D., adalah Reader dalam Evolusi Genetika di Universitas Newcastle upon Tyne, Inggris Raya. Dr Wolff menerima pelatihannya di University of Groningen, Belanda, dan memperoleh M.Sc. nya pada tahun 1982 Ph.D. nya, diperoleh pada tahun 1988 di Universitas Groningen, adalah genetika studi ekologi variasi morfologi dalam genus Plantago. Pertemuan pertamanya dengan sidik jari DNA berada di Washington University dengan Profesor Barbara Schaal (St. Louis, MO). Posisi penelitian tambahan
Universitas Leiden (Belanda) memungkinkan dia untuk meningkatkan keterampilan tentang molekul. Pengajaran tambahan dan Penelitian Beasiswa di Universitas St Andrews (Skotlandia) dan Universitas Neuchâtel (Swiss) memungkinkannya untuk menerapkan sidik jari DNA untuk berbagai jenis tanaman. Pada tahun 1999, permanen Posisi dimulai di University of Newcastle. Dr Wolff adalah anggota dari genetik Society, Komite Pengarah Sheffield Molekuler Fasilitas Genetika, Skotlandia Kantor mengunjungi komite Royal Botanical Garden of Edinburgh, dan evaluator proyek Dewan Penelitian Norwegia. Hibah penelitian telah diperoleh dari Lingkungan Alam Research Council dan Komisi Eropa, salah satunya adalah Marie Curie Pelatihan Situs yang mengkhususkan diri dalam pengembangan mikrosatelit.
Dr Wolff kini telah menerbitkan lebih dari 50 artikel tentang populasi genetika dan biologi evolusi dari berbagai tanaman (dan hewan aneh) spesies. Dia sangat tertarik dalam mempelajari keragaman populasi genetik, distribusi dan pemeliharaan.
Günter Kahl, Ph.D., adalah Profesor Biologi Molekuler Tanaman di Biocenter dari Johann Wolfgang Goethe-University of Frankfurt am Main, Jerman. Dia saat ini memegang posisi CSO dengan GenXPro, sebuah perusahaan untuk teknologi baru dalam genomik dan transcriptomik, terletak di Research Innovation Centre (FIZ) di Frankfurt. Setelah Gelar Ph.D. dalam biokimia tanaman, Dr Kahl meninggalkan selama dua tahun pasca doktoral di Michigan State University (East Lansing, MI), bergabung dengan Professor Joe Varner dan Profesor James Bonner di California Institute of Technology (Pasadena, CA).
Penelitian utamanya berfokus pada (1) teknologi gen, khususnya isolasi dan karakterisasi gen pertahanan tanaman dan promotor mereka, dan penggunaan in vitro gen pertahanan dimodifikasi untuk perbaikan tanaman tanaman melalui transfer gen; (2) analisis genom tanaman, khususnya pengembangan teknologi marka molekuler untuk sidik jari genomik, pembentukan peta genetik, penggunaan bakteri kromosom buatan (BAC) perpustakaan, dan berbasis peta kloning agronomis
gen penting; dan (3) ekspresi profiling tanaman jaringan-jaringan dengan ekspresi microarray dan teknik kecepatan tinggi lainnya.
Dr Kahl adalah penulis lebih dari 250 publikasi ilmiah. Karyanya telah didukung oleh German Research Council (DFG), Komisi Eropa, Stiftung Volkswagenwerk, Fritz Thyssen--Stiftung, Gesellschaft für Technische Zusammenarbeit (GTZ), dan banyak lainnya. Mengingat bahwa sebagian besar penelitian dilakukan dengan tanaman daerah subtropis dan tropis, Dr Kahl bekerja sama dengan serangkaian
lembaga penelitian internasional dan nasional di Jepang, Amerika Serikat, Perancis, Inggris Raya, Jerman, Suriah, India, Meksiko, Spanyol, Kolombia, Venezuela, dan Chili. Dia telah menyelenggarakan program penanda molekuler di banyak negara dan disajikan dalam misi ahli untuk IAEA, FAO, dan UNESCO.
Lingkup Pembahasan:
Buku ini terdiri atas 9 Bab. Setiap Bab dibahas secara rinci dengan membahas topic-topik secara mendalam. Bab 1 DNA berulang: Sebuah Sumber Penting Variasi Genom eukariotik, Bab 2 Mendeteksi Variasi DNA oleh Molekuler Marker, Bab 3 Peralatan Laboratorium, Bab 4 Metodologi, Bab 5 Evaluasi Molecular Marker data, Bab 6 Aplikasi DNA Fingerprinting di Ilmu Tanaman, Bab 7 Linkage Analisis dan Genetik Maps , Bab 8 Marker Yang untuk Apa Tujuan: Perbandingan, dan Bab 9 Prospek Masa Depan: snips dan Chips untuk DNA dan RNA Profiling.
Daftar Isi:
Chapter 1 Repetitive DNA: An Important Source of Variation in Eukaryotic Genomes
1.1 Categories of DNA Sequence Mutations 2
1.2 Tandem-Repetitive DNA: The Biology of Mini- and Microsatellites 4
1.3 Transposable Elements 14
Chapter 2 Detecting DNA Variation by Molecular Markers
2.1 Properties of Molecular Markers 21
2.2 Traditional Marker Systems 22
2.3 The PCR Generation: Molecular Markers Based on In Vitro DNA Amplification 28
Chapter 3 Laboratory Equipment
3.1 Incubators 75
3.2 Plant and Plant Cell Growth Equipment .76
3.3 Sterilization 76
3.4 Water Purification 76
3.5 Centrifuges 76
3.6 Refrigeration and Material Storage 77
3.7 Safety 77
3.8 Pipets 77
3.9 Supplies (Glassware and Plasticware) 78
3.10 DNA Detection and Quantitation 78
3.11 Electrophoresis Equipment .78
3.12 Documentation of Results .79
3.13 General Laboratory Equipment 79
Chapter 4 Methodology
4.1 Safety Precautions 81
4.2 Isolation, Purification, and Quantitation of Plant DNA 82
4.3 Basic Molecular Techniques 107
4.4 PCR with Arbitrary Primers 138
4.5 Microsatellite-Primed PCR 147
4.6 PCR and Hybridization: Combinatory Techniques 152
4.7 Amplified Fragment Length Polymorphism 154
4.8 Generation and Analysis of Microsatellite Markers 170
4.9 CAPS Analysis of cpDNA and mtDNA 202
Chapter 5 Evaluation of Molecular Marker Data
5.1 Robustness and Reproducibility 207
5.2 Fragment Sizing and Matching 210
5.3 Multilocus vs. Single-Locus Approaches .213
5.4 Band Sharing and Genetic Distances 214
5.5 Ordination, Clustering, and Dendrograms 219
5.6 Population Genetic Analysis 223
5.7 Phylogeography and Nested Clade Analysis 232
5.8 Statistical Testing of Hypotheses: Analytical and Computational Methods 233
Chapter 6 Applications of DNA Fingerprinting in Plant Sciences
6.1 A Brief History of DNA Fingerprinting 235
6.2 Genotype Identification .237
6.3 Genetic Diversity 246
6.4 Plant Taxonomy and Systematics 264
6.5 Phylogeography 270
Chapter 7 Linkage Analysis and Genetic Maps
7.1 Generating High-Density Genetic Maps .277
7.2 Synteny: The Comparative Analysis of Genomes 287
7.3 Marker-Assisted Selection 288
7.4 Molecular Markers and Positional Cloning 289
Chapter 8 Which Marker for What Purpose: A Comparison
8.1 Morphological Characters and Allozymes vs. DNA Markers 293
8.2 Different Kinds of DNA Markers 295
8.3 Conclusions 298
Chapter 9 Future Prospects: SNiPs and Chips for DNA and RNA Profiling
9.1 Single-Nucleotide Polymorphisms 301
9.2 DNA Microarrays 305
9.3 Expression Profiling and Expression Markers 308
Appendix 1 Plant DNA Isolation Protocols 311
Appendix 2 Commercial Companies 323
Appendix 3 Computer Programs Dealing with the Evaluation of DNA Sequence Variation and Molecular Marker Data 329
Appendix 4 Web Pages of Interest 337
References 339
Index 427
Berminat?
Email: zanetapm@gmail.com
0 comments:
Post a Comment